La commande rm
Peu de chose à dire sur la commande rm. Je ne vous fais pas l'injure de dire à quoi elle sert :). Elle est un poil plus complexe que sa soeur hg ou svn avec la présence de l'index. En effet, nous pouvons effacer des fichiers dans l'index seul, avec l'option --cached, mais aussi dans l'espace de travail et l'index (par défaut).
Il existe un «raccourci» : si vous avez supprimer un fichier avec la commande rm de l'OS, Git supprimera aussi le fichier avec la commande git commit -a, puisque cette dernière demande à Git de vérifier les changements dans les fichiers tracés.
Comme d'habitude, lisez le manuel ;).